2.x と 3.x+ の Recent Apps からの起動は Intent に付く Flag が異なる

Suica Reader で試した結果なので、launchMode の設定によって変わってくるかもしれません。
Suica Reader では launchMode に singleTask を設定しています。

■ 2.3.6 (Nexus S)
NfcAdapter.ACTION_TECH_DISCOVERED による起動
flag = 268435456 = 0x10000000
FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK

上記のあと、Recent Apps から起動
flag = 269484032 = 0x10100000
FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK | FLAG_ACTIVITY_LAUNCHED_FROM_HISTORY


■ 4.3 (初代 Nexus 7)
NfcAdapter.ACTION_TECH_DISCOVERED による起動
flag = 0

上記のあと、Recent Apps から起動
flag = 269500416 = 0x10104000
FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK | FLAG_ACTIVITY_LAUNCHED_FROM_HISTORY | FLAG_ACTIVITY_TASK_ON_HOME


2.3.6 との違いは FLAG_ACTIVITY_TASK_ON_HOME です。この Flag は API Level 11 からです。

2.3.6 と 4.3 では NfcAdapter.ACTION_TECH_DISCOVERED による起動時の Flag も違っていました。

Recent から起動したときの Intent は前回起動したときの Intent になります。
つまり、カードをかざして起動したあと、Recent から起動すると、カードをかざしていないのに Intent の Action は NfcAdapter.ACTION_NDEF_DISCOVERED や NfcAdapter.ACTION_TECH_DISCOVERED などになります。
NDEF データは Intent に保持されるので、それを利用する場合は問題ないのですが、カード検出後にカードと通信して直接データを読み取る場合は困ります。
カードがかざされたことによる起動なのか、Recent からの起動なのか調べるために Flag が 0 より大きいかどうかでチェックしていたのですが、2.3.6 では NfcAdapter.ACTION_TECH_DISCOVERED による起動時の Flag が 0 ではないことがわかってしまい、ちゃんと FLAG_ACTIVITY_LAUNCHED_FROM_HISTORY をチェックしないとダメでしたね。。。